К полномочиям Фонда развития территорий относится принятие решения о способе восстановления прав обманутых дольщиков: либо путём завершения строительства проблемного объекта, либо путём выплаты денежной компенсации через уполномоченный банк – универсальный ипотечно-строительный банк «ДОМ.РФ». К полномочиям Фонда поддержки дольщиков Бурятии относится только завершение строительства проблемного объекта на основании следующих документов: решения Наблюдательного совета Фонда развития территорий, определения арбитражного суда и соглашения, заключённого с Фондом развития территорий.
Выплата компенсаций гражданам за участие в долевом строительстве относится к исключительным полномочиям Фонда развития территорий. Передача помещений дольщикам в завершённых объектах относится к полномочиям Фонда поддержки дольщиков Бурятии. Передача помещений при этом идёт на основании Реестра требований участников строительства, сформированного конкурсным управляющим до даты принятия Решения Наблюдательным советом Фонда развития территорий.